O senador Hamilton Mourão é membro titular em três comissões permanentes no Senado Federal, sendo:

Comissão de Segurança Pública (CSP): composta por 19 senadores titulares e 19 suplentes, a CSP é uma comissão permanente do Senado Federal que tem como atribuição opinar sobre proposições pertinentes à Segurança Pública, receber e avaliar denúncias relativas ao crime organizado, narcotráfico, violência rural e urbana, dentre outras atribuições elencadas no Regimento Interno do Senado Federal.

Comissão de Agricultura e Reforma Agrária (CRA): composta por 17 senadores titulares e 17 suplentes, essa importante comissão permanente do Senado Federal analisa e opina sobre proposições pertinentes ao direito agrário, planejamento, acompanhamento e execução de política agrícola e fundiária, dentre outras dezenove atribuições elencadas no Regimento Interno do Senado Federal. 

Comissão de Relações Exteriores e Defesa Nacional (CRE): composta por 19 senadores titulares e 19 suplentes, a CRE é, também, uma comissão permanente do Senado Federal. Dentre suas atribuições estão a emissão de pareceres sobre proposições referentes aos atos e relações internacionais, comércio exterior, indicação de nome para chefia de missões diplomáticas de caráter permanente junto a governos estrangeiros e organizações internacionais de que o Brasil faz parte, dentre outras elencadas no Regimento Interno do Senado Federal.

O senador é, também, suplente em outras quatro importantes comissões:

Comissão de Constituição, Justiça e Cidadania (CCJ): considerada uma das mais importantes comissões permanentes, a CCJ é composta por 27 senadores titulares e 27 suplentes, responsáveis pela análise de constitucionalidade, juridicidade e regimentalidade das matérias que lhe são apresentadas.

Comissão de Ciência, Tecnologia, Inovação, Comunicação e Informática (CCT):

A esta comissão permanente, composta por 17 senadores titulares e 17 suplentes, cabe opinar sobre proposições pertinentes ao desenvolvimento científico, tecnológico e inovação tecnológica, política nacional de ciência, tecnologia, inovação, comunicação e informática, dentre outros elencados no Regimento Interno do Senado Federal.

Comissão de Desenvolvimento Regional e Turismo (CDR):

Cabe à CDR opinar sobre matérias pertinentes a proposições que tratem de assuntos referentes às desigualdades regionais e às políticas de desenvolvimento regional, dos Estados e dos Municípios, planos regionais de desenvolvimento econômico e social, dentre outras.

Comissão de Educação e Cultura (CE):

Compete à CE opinar sobre proposições que versem a respeito de  normas gerais sobre educação, cultura, ensino e despertos, instituições educativas e culturais e bases da educação nacional e salário-educação. A ela compete, ainda, emitir opinião sobre posições que tratem de diversão e espetáculos públicos, criações artísticas, datas comemorativas e homenagens cívicas, latem de formação e aperfeiçoamento de recursos humanos e outros assuntos correlatos.

O senador integra, ainda, como membro titular, o Conselho de Ética e Decoro Parlamentar (CEDP), a Frente Parlamentar por um Brasil sem Jogos de Azar (FPBSJA), a Frente Parlamentar de Apoio ao Microcrédito e às Microfinanças (FPAMM), o Grupo Parlamentar Brasil – Marrocos (GPMARROCOS) e o Grupo Parlamentar Brasil – República da Coreia (GPRCOREIA). Como suplente, Hamilton Mourão faz parte da Comissão Parlamentar de Inquérito CPI das ONGs e da Comissão Mista Permanente sobre Migrações Internacionais e Refugiados (CMMIR), que aguarda instalação.